根据原国家质监总局发布的《地理标志产品保护规定》（2005年7月15日起施行），可以申请地理标志产品保护的主体主要有三类：①县级以上人民政府指定的地理标志产品保护申请机构；②人民政府认定的协会，一般为行业协会、商会等社会团体；③人民政府认定的企业，即生产或经营该地理标志产品的企业或企业的集合。

国内地理标志产品保护的申请程序为：申请人先向省级知识产权管理部门提出申请，经后者初审合格后提交国家知识产权局受理，符合受理条件的发布受理公告，经2个月的异议期后公告批准。2019年12月3日，国家知识产权局地理标志产品保护申请电子受理平台正式上线，方便申请人通过网上电子申请。

国家知识产权局对地理标志产品保护申请进行技术审查，主要包括会议审查和必要的产地核查。国家知识产权局按照地理标志产品的分类特点建立地理标志专家库、设立相应的专家审查委员会，审查时视需要选择并听取专家意见。之前，经国家批准保护的地理标志产品专用标志样式如下（图片来自网络，下同）：

2020年4月3日，国家知识产权局发布《地理标志专用标志使用管理办法（试行）》，此后地理标志产品和地理标志商标统一使用的专用标志样式如下：

根据我国《商标法》规定，地理标志可以申请为集体商标或证明商标。集体商标是指以团体、协会或其他组织名义注册，供该组织成员在商事活动中使用，以表明使用者在该组织中的成员资格的标志，其申请主体包括事业单位、团体、协会等组织；证明商标是指由对某种商品或服务具有监督能力的组织所控制，而由该组织以外的单位或者个人使用于其商品或服务，用以证明该商品或者服务的原产地、原料、制造方法、质量或者其他特定品质的标志，其申请主体主要是具有监督和检测能力的专业机构。

地理标志商标的申请流程与普通商标一致，其申请、审查、公告、异议、复审、续展等程序均执行我国现行商标法的相关规定。不同的是，地理标志所申请的集体商标或证明商标实质审查所要求的具体申报材料，则与普通商标大不相同。经核准的地理标志商标（集体商标或证明商标）专用标志的使用样式如下（权利人五常市大米协会注册在第30类上的第1607996号“五常”地理标志证明商标＋上列地理标志的统一专用标志，下面标注为该权利人的统一社会信用代码）：

一是“双轨制”保护模式造成了地理标志产品保护与地理标志商标保护之间的不协调。即同一地理名称，在同时受《商标法》和《地理标志产品保护规定》保护的情况下，容易造成法律适用上的冲突。

二是地理标志与商标权的冲突。商标的基本功能是区别不同商品或服务的具体提供者，即市场中的具体经营主体（企业或个体户）。而地理标志作为“区域公共品牌”，主要是区别不同的原产地，标示某特定质量、信誉由该地自然因素或人文因素所决定（如地理标志产品），相关组织成员具有使用的成员资格（如地理标志集体商标），或者证明该商品或服务的原产地、原料、制造方法、质量或其他特定品质（如地理标志证明商标）。由于早期善意取得的含有地理标志的注册商标大量存在，但其产品并非后续其他主体取得的同一地理标志产品或地理标志商标所保护的原产地产品，在同时受保护的情况下，其同时使用显然容易造成混淆或误认。此外，同一地理标志，如果A主体享有其普通商标注册权或地理标志产品专用权，而B主体又享有其地理标志商标专用权，也会产生矛盾和冲突等。

三是地理标志权利主体与使用主体的不一致，造成地理标志产品质量管理上的不协调。如前所述，地理标志作为“区域公共品牌”其权利主体为相关组织，此类组织并非实际直接使用地理标志的生产者或经营者。而地理标志产品应当是地方“名优特”产品，其生产加工应符合相关工艺和标准。这就要求生产者或经营者应当更关注其所使用的地理标志产品的特色和质量，而不是仅仅扩大产量和规模而忽视质量。但由于生产者或经营者本身不是地理标志的权利主体，其往往只注重短期效益而忽视长远利益。

四是我国地理标志缺乏国际保护。目前，我国对地理标志的保护大多局限于国内市场，这使得国外市场上的我国地理标志产品屡被侵害。例如我国一些著名地理标志被国外抢注，以及许多国外生产的所谓“中国土特产”，堂而皇之地在国外高档商品柜台上出售等，既侵害国外消费者的合法权益，也严重损害我国地理标志产品的声誉。

针对上述存在问题，目前我国正在构建的地理标志系统保护机制包括：制定《地理标志保护法》，以专门立法对地理标志进行全方位、系统性保护；成立保护地理标志专门机构，直接负责地理标志的审核、注册、管理、监督及纠纷调处；制定严格的地理标志质量监督制度，在地理标志产品符合地域条件的同时，对其传统特色和质量施以更加严格的管理监督等。关于地理标志国际保护，目前有《巴黎公约》、《马德里协定》、《里斯本协定》和《TRIPs协定》四种途径。近年来，我国加强了对地理标志的国际保护，2011年我国启动“中欧地理标志保护与合作协定谈判”，历经八年于2019年发布关于结束该协定谈判的联合声明。中欧地理标志协定是我国对外商签的第一个全面、高水平地理标志双边协定，对于推动新时代我国高质量发展、建设知识产权强国具有里程碑意义。